Die Anfänge der Bergkirche reichen vermutlich ins 12. Jahrhundert zurück, als hier eine Wegekapelle an der Handelsstraße Regensburg – Naumburg stand. Im 13. Jahrhundert kam sie in den Besitz des Deutschen Ordens und wurde 1359 erstmals urkundlich erwähnt. Der Deutsche Orden ist in Schleiz seit 1284 nachweisbar und hatte damals alle Kirchen betreut. Im 14. Jahrhundert begann der Deutsche Orden die ursprünglich kleine Kapelle zur Kirche auszubauen. 1482-1507 erfolgte der Neubau des Chorhauses und des Turms. Heinrich der Mittlere, Herr von Gera, bestimmte 1482 die Bergkirche zu seinem Erbbegräbnis und begründete damit die Tradition der Bergkirche als herrschaftliche Grablege. Er ist auch der erste Landesherr, der in der Bergkirche seine letzte Ruhe fand. Er starb 1500. Seine Tumba findet man heute noch in der Turmkapelle. Nach einiger Zeit begannen die Nachkommen der Vögte von Weida hier ihre Toten zu bestatten. Hauptsächlich wurden in der Kirche Familienmitglieder der Herren von Gera, der Burggrafen von Meißen und der jüngeren, mittleren und älteren Linie der Herren, Grafen und Fürsten Reuß von Plauen beigesetzt. Insgesamt wurden Vertreter aus 10 Linien der Nachkommen der Vögte von Weida in der Bergkirche zur letzten Ruhe gebettet.
Die Um- und Ausbauarbeiten an der Kirche fanden immer in Zusammenarbeit statt. So wurden um 1500 mehrere Abschnitte der Bergkirche vom Deutschen Orden in Zusammenarbeit mit Heinrich dem Mittleren als Landesherr zur gotischen Hallenkirche ausgebaut. Heinrich Posthumus Reuß leitete während des Dreißigjährigen Krieges die letzte Erweiterung der Bergkirche ein.
Besonders auffällig sind die Sandsteintumba für Heinrich den Mittleren, Herrn von Gera und Schleiz vom Anfang des 16. Jahrhunderts und das Burgk‘sche Epitaph für Heinrich II. Reuß zu Burgk in der Turmkapelle, erbaut 1642-1706. Die Verbundenheit der Schleizer Bürger kommt durch die Epitaphe für Bürger, die Bürgerstände im Kirchenschiff und die namentliche Nennung an der Emporenbrüstung zum Ausdruck.
Während der von Fürst Heinrich XIV. Reuß j. L. finanzierten Renovierung in den Jahren 1896/97 erhielt die Bergkirche ihre den Innenraum überspannende "Himmelswiese" im Gewölbe sowie die Gemälde am Triumphbogen. Funde während der Renovierung 1979-83 belegen jedoch, dass bereits während der Bauzeit um 1500 Blumen ins Gewölbe des Chorraums gemalt worden waren. Ein Beispiel dafür ist direkt über dem Altar zu sehen. Zuletzt renoviert wurde die Bergkirche 1979-83. Wöchentlich begeistert die Orgel, welche 2007 von Bernhard Kutter erneuert wurde, viele Zuhörer.